Lahir di Surabaya pada tanggal 6 Januari 1971. Gatot menempuh pendidikan sarjananya di Texas A&M University, Amerika Serikat jurusan Geografi. Kemudian melanjutkan pendidikannya di University of New South Wales, Australia jurusan Sistem Informasi Geografis serta mendapatkan gelar doktor di bidang Survei Lautan dari University of Kiel, Jerman.
Karirnya di Badan Koordinasi Survei dan Pemetaan Nasional/Badan Informasi Geospasial dimulai pada 2010 sebagai Kepala Bidang Basis Data Rupabumi Pusat Pemetaan Rupabumi dan Toponim/ PPRT (2010-2012). Kemudian Gatot sempat menduduki jabatan sebagai Kepala Bidang Pemetaan dan Integrasi Tematik Laut PPIT (2012-2016), Kepala Bidang Teknologi Informasi dan Komunikasi Geospasial PPIG (2016-2019), Kepala Bidang Pemetaan Kelautan PKLP (2019-2020) sebelum akhirnya dilantik oleh Kepala Badan Informasi Geospasial dan diberi tanggung jawab sebagai Kepala Pusat Jaring Kontrol Geodesi dan Geodinamika BIG pada 17 Januari 2020.
