Habib Subagio lahir di Magelang pada 2 Desember 1974. Ia mengawali pendidikan selama 12 tahun di Magelang, kemudian berlanjut menempuh pendidikan strata satu di Universitas Gadjah Mada dengan Jurusan Kartografi dan Penginderaan jauh.
Habib mengawali karir di Badan Informasi Geospasial (BIG) pada tahun 2003, kemudian mengikuti diklat Fungsional Peneliti Tingkat pertama yang di selenggarakan LIPI pada tahun 2007. Pada 2008, ia lulus dari pendidikan magister Universitas Indonesia dengan Jurusan Ilmu Kelautan dan melanjutkan pendidikan Doktoral dengan Jurusan Ilmu Lingkungan di Universitas Indonesia.
Habib dipercaya sebagai Kepala Bidang Pemetaan Dinamika Sumberdaya pada periode 2012-2015. Ia kemudian menjadi Kepala Bidang Pemetaan Tata Ruang periode 2015-2017. Pada 2017 beliau kembali menjabat sebagai Kepala Bidang Pemetaan Dinamika Sumberdaya, sebelum akhirnya dipercaya sebagai Inspektur BIG pada tahun 2019 hingga saat ini. Atas pengabdian masa kerjanya selama 20 tahun sebagai PNS, Habib telah menerima dua tanda kehormatan Satyalancana Karya Satya.
Selama bekerja, Habib aktif menjadi narasumber dalam beberapa seminar, diantaranya Seminar Nasional Geografi dan Pembangunan Berkelanjutan di FMIPA UI dan The 3rd International Symposium for Sustainable Landscape Development di IPB pada tahun 2017, SEA Studies Symposium 2018 di UI, serta SUWIS (Sustainable Urban Water International Seminar) pada tahun 2019 di IPB. Habib berkesempatan menerima penghargaan Jacub Rais Award sebagai The Best Paper pada PIT MAPIN XXV-4rd International Conference of Indonesia Society for Remote Sensing (ICOIRS) 2018 yang diselenggarakan MAPIN dan Universitas Hasanuddin.
